충칭중의약연구소는 1930년 7월 설립됐다. 그 전신은 국민당 상공부가 난징에 설립한 중앙산업실험연구소였다. 항일전쟁이 발발하자 그는 충칭으로 이주했다.
1946년 국내약물연구소가 설립되면서 중의학연구소의 원형이 형성됐다. 해방 후에는 서남지방의 풍부한 한의학 자원과 전문가들의 시연을 바탕으로 '한의학의 보고'를 전문으로 하는 과학연구방향을 확정하였다.
1957년 1월에는 중국의과학원 산하 서남중의약연구소로 명칭을 바꾸고 국내 최초의 한의학 연구 전문 과학연구기관이 됐다.
1963년에는 쓰촨성 보건부 산하에 들어가 쓰촨성 중의약연구소로 명명됐다.
1997년 충칭이 충칭 직할하에 있게 된 후 쓰촨 중의약연구소는 충칭시 관할로 편입되어 1998년 5월 7일 충칭중문연구소로 명칭이 바뀌었다. 의학. 현재 충칭시 과학기술위원회 직속 부국급 기관입니다.
2009년 충칭시 편집위원회의 승인을 받아 '중경중의약박물관' 브랜드를 추가하고 1팀 2브랜드의 관리운영 모델을 구현했다.