1197년 젊은 통치자 프리드리히가 왕위에 오르면서 시칠리아 왕국의 미래는 왕의 중앙집권화에 익숙해져 있던 시칠리아의 가까운 미래에 큰 영향을 미쳤습니다. 그의 어린 시절은 프리드리히의 유산을 보호하기 위해 1198년에 안코나의 후작 폰 안코나를 섭정으로 임명했습니다. 동시에 교황은 시칠리아에서 교황청의 권위를 재확인했습니다. 교황은 프리드리히의 계승권을 인정함으로써 향후 10년 동안 시칠리아에서 교황청의 권력이 축소되는 것을 지켜볼 것이며 누구를 지지할지 결정하는 것이 여러 번 어려울 것입니다.
그러나 호엔슈타우펜 가문의 권력 장악은 아직 확고하지 못했습니다. 브라이언의 발터 3세는 1201년에 탕크레드의 딸과 결혼하여 왕국을 차지하기 위해 남쪽으로 왔습니다. 1202년 시칠리아 장관 월터(Walter of Bolivia)와 이셀 백작 디포르(Diport)가 이끄는 군대는 월터에게 패했고, 마카드는 전투에서 사망했고, 프리드리히는 윌리엄의 지휘하에 있던 피사의 동맹국인 카펠론(Capellon)에게 넘어갔다. , Deport는 1205 년 사망 할 때까지 대륙에서 Walter와 계속 싸웠습니다. Dubot은 마침내 1206년에 William에게서 Frederick을 탈환하고 Walter 장관에게 후견권을 넘겨주었고, Dubot은 곧 탈락했고, 후자는 궁전을 점령하고 마침내 1207년 Walter에게 포위되었습니다. 10년 후, 섭정과 왕위를 둘러싼 전쟁은 마침내 끝났다.
프리드리히는 할아버지 로저의 아리아노 법전을 바탕으로 개혁을 단행했고, 1231년 말피 헌법을 공포했는데, 이 법률은 당시로서는 매우 뛰어난 법률로 1231년에 채택되었습니다. 이 법은 시칠리아 왕국을 군주제로 만들었고 봉건제에서 중앙집권제로 변모한 유럽 최초의 국가가 되었습니다. 상대적으로 변하지 않은 말피 헌법은 1819년까지 시칠리아 법의 기초로 남아있었습니다.
시칠리아의 프리드리히 2세의 후계자는 호헨슈타우펜의 다른 후손들이 독일에서 바쁜 동안 15년 동안 시칠리아를 통치했습니다. 그의 통치는 앙주왕과 함께 끝났습니다. 1266년 침공과 마지막 남성 상속자인 콘라딘의 죽음. 호엔슈타우펜 가문과 교회 사이의 갈등으로 인해 1266년 앙주 공작 샤를 1세가 시칠리아를 침공했습니다. 1282년 프랑스 관료들에 대한 불만과 과세로 인해 시칠리아 베스퍼스 반란이 일어났고, 이는 아라곤의 표트르 3세의 성공적인 침공으로 이어졌습니다. 그 결과 시칠리아 베스퍼스 전쟁은 1302년 코트볼트 조약까지 지속되었습니다. 막 중단되었습니다.
평화 조약은 옛 시칠리아 왕국을 두 부분으로 나누었습니다. 시칠리아는 '등대 너머의 시칠리아 왕국', 즉 트리나키아 반도의 일부로 당시에는 시칠리아 왕국으로 불렸지만 알려졌습니다. 현대 학자들에 따르면 나폴리 왕국은 프리드리히 3세에 속해 있었고 이미 프리드리히 3세의 통치 하에 있었기 때문에 평화 조약은 불안정한 "현상 유지"를 공식적으로 인정한 것입니다.
시칠리아는 1409년까지 아라곤 왕의 친척들에 의해 독립된 왕국으로 통치되었다가 아라곤 제국에 편입되었습니다. 나폴리 왕국은 아라곤의 알폰소 5세까지 앙주 왕조의 통치를 받았습니다|아라곤 알폰소 V는 1443년 2월 26일 나폴리를 점령하고 강제로 두 왕좌를 통합했지만, 알폰소가 사망한 후 둘은 분열되어 나폴리는 그의 아들 나폴리의 페르난도 1세에게 넘겨졌고, 아라곤은 그의 형제인 아라곤의 요한 2세에게 넘겨졌습니다. 1494년에서 1503년 사이에 프랑스 왕 샤를 8세와 앙주 혈통의 루이 12세가 연속적인 침공을 통해 나폴리를 정복하려 했으나 실패했습니다(이탈리아 전쟁 참조).
시칠리아 왕의 칭호는 1516년까지 아라곤 왕이, 그 후 1707년까지 스페인 왕이, 1707년부터 1735년까지 신성로마제국 황제가 파르마 공작 카를 1세 때까지 맡았다. 포리는 나폴리와 시칠리아의 샤를 7세가 되었고, 그의 후손들은 1861년 이탈리아가 통일될 때까지 두 지역을 모두 통치했습니다.
1816년부터 1861년까지 두 왕국은 양시칠리아 왕국이라는 이름으로 통합되었습니다.
1530년 오스만 제국이 남쪽에서 로마를 침공하는 것을 막기 위해 아라곤의 카를 5세이기도 했던 신성 로마 제국 황제 카를 5세는 기사단과 함께 몰타 섬과 고조 섬을 영구적으로 봉쇄했다. Hospitaller. 매년 연회비를 내고 몰타 매를 모아 위령의 날에 시칠리아 주지사에게 전달했습니다. 몰타 제도는 1127년부터 시칠리아 공국의 일부였으며 나중에는 시칠리아 왕국의 일부였으며, 두 섬 사이의 봉건 관계는 기사단 통치 기간 동안 1798년 나폴레옹에 의해 몰타에서 추방될 때까지 여전히 존재했습니다.